首要是歸納交通運送系統、物流服務(wù)系統、流轉系統、供應鏈管理系統、物流信息服務(wù)系統、物流規范系統、世界物流系統、應急物流系統等不完善。

       歸納交通運送系統沒(méi)有完全構成。高效便捷、才能充沛、聯(lián)接順利、結構優(yōu)化、布局合理的歸納交通運送系統有待時(shí)日，不同運送方法之間協(xié)調缺乏、聯(lián)接不暢。運送結構不合理，鐵路在歸納交通運送中的優(yōu)勢未得到充沛發(fā)揮。2016年全社會(huì )貨運量中鐵路占比僅7.7%，公路占比則高達78%。全社會(huì )貨品周轉量中鐵路貨品周轉量占13%，公路則占比33.6%。

      南京物流公司服務(wù)系統尚不健全。"干、支、末"與"物流紐帶、物流園區、物流中心、配送中心、終端網(wǎng)點(diǎn)"等構成的物流網(wǎng)絡(luò )很不完善，干線(xiàn)之間、干線(xiàn)支線(xiàn)之間、干線(xiàn)、支線(xiàn)與配送之間、支線(xiàn)與結尾之間均存在許多薄弱環(huán)節。物理基礎設備網(wǎng)絡(luò )、信息網(wǎng)絡(luò )、運營(yíng)網(wǎng)絡(luò )尚在構成之中。公共物流基礎設備、社會(huì )化物流基礎設備、企業(yè)自營(yíng)物流基礎設備之間的比例不盡合理。受經(jīng)濟、生產(chǎn)力、基礎設備、市場(chǎng)化程度、信息化水平、需求等要素的影響，物流業(yè)空間散布"東高西低"（如西部地區鐵路展開(kāi)滯后，路網(wǎng)規劃小，物流節點(diǎn)少），城市物流相對興旺，物流公司、物流設備、物流活動(dòng)高度集中在交通、信息更為興旺的大中城市，鄉村物流十分滯后且水平低下。"最早一公里""中心換裝一公里""結尾配送與投遞一公里"問(wèn)題杰出。南京物流公司從農產(chǎn)品進(jìn)城到中心運送環(huán)節的流轉再到城市內部的配送、快遞分段進(jìn)行，運作流程多、效率低、本錢(qián)高。物流資源整合缺乏，各類(lèi)物流資源渙散、分立、切割，物流資源缺少和資源糟蹋并存。

       "規劃化、集約化、高效率"的現代流轉系統沒(méi)有構成。批發(fā)、零售等傳統流轉方法仍占主流，流轉環(huán)節多、流轉渠道長(cháng)、買(mǎi)賣(mài)次數高，組織化程度低，流轉方法落后，流轉本錢(qián)居高不下。如農產(chǎn)品流轉首要采納農民-經(jīng)紀人-產(chǎn)地批發(fā)市場(chǎng)-銷(xiāo)地批發(fā)市場(chǎng)-零售終端這一傳統形式，多環(huán)節買(mǎi)賣(mài)延長(cháng)了物流周期，增加了南京物流公司本錢(qián)。醫藥流轉從生產(chǎn)者到運用者，中心歷經(jīng)多級批發(fā)商、經(jīng)銷(xiāo)商、醫藥代表、醫療機構、零售商等，各環(huán)節層層加價(jià)。

        供應鏈管理系統缺少。從現在國家供應鏈、區域供應鏈、職業(yè)供應鏈、企業(yè)供應鏈看，國家間、區域間、職業(yè)間、企業(yè)間難以樹(shù)立深層次互利共贏(yíng)、資源同享的協(xié)作機制，難以展開(kāi)上下游企業(yè)流程優(yōu)化和功用整合，難以有用產(chǎn)業(yè)鏈、供應鏈和價(jià)值鏈。

        物流規范系統不健全。南京物流公司規范包含物流設備、設備、專(zhuān)用工具等技術(shù)規范，也包裝、倉儲、裝卸、運送等作業(yè)規范，還包含收集、加工、處理、交換和應用等物流信息規范。物流設備和設備的規范化是物流業(yè)展開(kāi)中一個(gè)關(guān)鍵問(wèn)題，規范化關(guān)系到各種物流功用、要素的有用聯(lián)接和協(xié)調展開(kāi)，很大程度上影響著(zhù)社會(huì )物流效率的進(jìn)步。因物流規范面廣量大、內容繁雜，一致規范難度很大，加之物流規范化作業(yè)相對滯后，使得物流規范化程度較低。并且，物流規范化系統還存在條塊切割、部門(mén)切割，基本設備缺少一致規范、規范之間缺少有用聯(lián)接等問(wèn)題，進(jìn)一步增加了搬倒、分揀、包裝等環(huán)節。如托盤(pán)規范不一致，托盤(pán)不能循環(huán)運用，物流操作需屢次轉移，預計一年至少增加商品損耗約400億元。

      物流信息服務(wù)系統不完善。南京物流公司信息化和網(wǎng)絡(luò )化建設滯后，沒(méi)有構成強大、互聯(lián)互通的信息服務(wù)系統，不同物流方法之間的信息碎片化、孤立化。許多部門(mén)和單位自建的信息數據庫，實(shí)際上是一個(gè)個(gè)信息孤島。同一運送方法之間不同企業(yè)之間、供需雙方之間信息缺少連接與同享。物流資源配置不能在更大范圍內進(jìn)行，信息不對稱(chēng)或信息缺失使得供需失衡。信息缺失和不對稱(chēng)使得貨運空載問(wèn)題杰出。

       應急物流服務(wù)系統嚴重滯后。南京物流公司能力薄弱，在應對各類(lèi)重大突發(fā)性事情時(shí)，難以做到"第一時(shí)間"應急物資的保證。